Dr. Lara Urban

Lara is interested in how genomics research can benefit and be incorporated into conservation management. During her PhD at the University of Cambridge, UK, and the EMBL - European Bioinformatics Institute (EBI), she applied and developed methodology in the fields of statistical genomics and single-cell genetics. Lara is now combining this expertise in genomics with her background in both applied and theoretical ecology to investigate how these approaches can be combined with established applications from population and evolutionary genomics to inform the fledgling field of conservation genomics. As a Research Fellow in the Gemmell Lab, Lara concentrates on two critically endangered avian species endemic to New Zealand, the takahē and the kākāpo. She is also engaged in metagenomics and biodiversity (eDNA) research in the Gemmell lab.

Lara is a Humboldt Research Fellow, funded by a two-year Feodor Lynen Research Fellowship.

Lara is also co-founder and -organiser of the UK-based organisation PuntSeq, which employs real-time nanopore sequencing for freshwater monitoring.

 

Deutsche Übersetzung

Als Research Fellow an der Otago Universität erforsche ich die beiden sehr bedrohten neuseeländischen Vogelarten Kākāpō und Takahē. Beides sind fluglose Vögel, die durch eingeführte Raubtiere und wegen der Zerstörung des Lebensraums auf wenige hundert Individuen reduziert wurden. Ich erforsche nun die DNA dieser Vögel, um die genetische Grundlage ihrer erhöhten Krankheitsanfälligkeit und reduzierten Fruchtbarkeit zu verstehen.

Die statistischen Methoden, die ich hierbei anwende, sind sehr ähnlich zu dem, was ich während meines Doktor in der statistischen Genetik an der Universität Cambridge, England, gelernt habe. Zum Beispiel habe ich durch genetische Studien herausgefunden, dass Cloacitis, eine Krankheit, die den Kakapo befällt, höchstwahrscheinlich durch Retroviren ausgelöst wird – eine Information, die wir nun für den Schutz der Art nutzen können.

Ich studiere außerdem, wie genetische Studien helfen können, die Qualität von Frischwasser wie Seen und Flüssen und Artenverbreitung und -vielfalt mithile von DNA in Wasser, Erde oder Sediment zu verstehen.


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Publications: 

First author publications

Urban, L.*, (...), Stammnitz, M. R. (2020): Freshwater monitoring with nanopore sequencing. eLife 2021;10:e61504. DOI: 10.7554/eLife.61504.

 

Jeunen, G.*, Urban, L.*, (…), Gemmell, N. (2020) Marine environmental DNA (eDNA) for biodiversity assessments: a one-to-one comparison between eDNA and baited remote underwater video (BRUV) surveys. authorea preprinthttps://www.authorea.com/doi/full/10.22541/au.160278512.26241559/v1; under review at Molecular Ecology Resources.

 

PCAWG Transcriptome Core Group* (incl. Urban, L.*), (...), Zhang, Z. (2020):Genomic basis for RNA alterations revealed by whole- genome analyses of 27 cancer types. Nature 578, 129–136.https://doi.org/10.1038/s41586-020-1970-0.


Urban, L.*, (...), Mueller, T. (2020):covRNA: discovering covariate associations in large-scale gene expression data. BMC Research Notes, 13:92. https://doi.org/10.1186/s13104-020-04946-1.

 

Feichtinger, M.*, Urban, L.*, (...), Oberle, A. (2020); Oxford Nanopore Sequenzierung zur Bestimmung des Endometrium-Mikrobioms. Geburtshilfe und Frauenheilkunde, 80(06). doi: 10.1055/s-0040-1713190.

 

Linker, S.*,Urban, L.*, (...), Bonder, M. J. (2019):Combined single cell profiling of expression and DNA methylation reveals splicing regulation and heterogeneity. Genome Biology, 20:30.https://doi.org/10.1186/s13059-019-1644-0.

 

Calabrese, C.*, Lehmann, K. V.*,Urban, L.*, (...), Stegle O. (2017)Assessing the Gene Regulatory Landscape in 1,188 Human Tumors.bioRxiv,https://doi.org/10.1101/225441.

 

Co-author publications

Macey, J. R., (...), Urban, L., (...), Gemmell, N. J. (2021): Evidence of two deeply divergent co-existing mitochondrial genomes in the Tuatara reveals an extremely complex genomic organization. Commun Biol 4, 116. https://doi.org/10.1038/s42003-020-01639-0.

 

The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium (including Urban, L.) (2020): Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature 578, 82–93.https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6.

 

Bailey, M. H., (…), Urban, L., (…), PCAWG Consortium (2020) Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples. Nature Communications, 11:4748. https://doi.org/10.1038/s41467-020-18151-y.

 

Li, C. H., (…), Urban, L., (…), PCAWG Consortium (2020) Sex differences in oncogenic mutational processes. Nature Communications, 11:4330. https://doi.org/10.1038/s41467-020-17359-2.

 

Avsec, Z., (...),Urban, L., Kundaje, A., Stegle, O., Gagneur, J. (2019):The Kipoi repository accelerates community exchange and reuse of predictive models for genomics. Nature Biotechnology 37, 592-600.https://doi.org/10.1038/s41587-019-0140-0.

 

 

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Media Highlights: 

Conservation genomics

 

 

Metagenomics

 

Participation in the Lindau Nobel Laureate Meeting

 

Machine learning